안녕하세요.
상위 법령을 국가연구개발혁신법에 따라 운영하는 연구개발사업과 관련하여,
법령 및 매뉴얼 해석 기준에 대해 문의드립니다.
본 질의는 특정 부처·전문기관·개별 과제에 대한 판단을 요청하는 것이 아니라,
국가연구개발혁신법 및 「국가연구개발혁신법 매뉴얼」의 일반적인 해석과 적용 기준에 대한 문의입니다.
[상황]
1) (연구결과물이 국가 소유에 해당되어 ) 전문기관으로부터 세금계산서 발행 요청을 받음
2) 매출 세금계산서 발행에 따른 부가가치세 매출세액에 대하여 회계법인은 [25년도 국가연구개발혁신법 매뉴얼] 제3장 연구개발비의 지급 및 관리, 제 7절 연구활동비 사용용도 및 사용기준, 나. 사용기준에 따라 "위탁연구개발과제" 기준을 적용하여 연구활동비로 처리 가능하다는 회신을 받음(P.220)
3) 다만, 본 건은 다음 사항에서 전문기관과 주관기관 혹은 공동기관 간의 세금계산서 거래에 해당되기 어려운 것으로 사료됨.
전문기관과 주관기관, 공동기관은 혁신법 정의상 명백하게 위탁연구과제에 해당되지 아니하며 (즉, 메뉴얼상 혹은 법리상 위탁연구과제의 정의를 충족할 수 없는 관계임)
위탁연구개발과제의 경우, 주관기관이 위탁연구기관에 "부가가치세"를 포함한 금액을 용역대금으로 발주함.
따라서 부가세의 원칙상 주관기관 & 위탁연구기관 모두 세금에 따른 이익을 얻는 구조가 아님.
예시)
Ex) 공급대가(집행연구비)가 100원이라면, 위탁연구개발기관에 대한 연구비는 110원의 세금계산서를 발행하나, 주관기관은 10원을 추가로 지급하는 대신(-), 매입세액공제를 통해 10원을 공제받기 때문에(+) 부가가치세상 아무런 이익이 없음
Ex) 반대로 위탁연구기관에서도 110원으로 발행된 세금계산서에 대해 10원에 해당하는 부가가치세 매출세액을 연구활동비로 처리하므로, 부가가치세상 아무런 이익이 없음.
그러나, 본 건의 경우 회계법인 주장대로 처리할 경우,
주관기관 혹은 공동기관은 매출세액을 연구활동비로 처리하게 되어 부가가치세상 아무런 이익이 없는 것은 동일하나,
전문기관은 부가세 10%에 해당하는 금액에 대해 매입세액공제를 적용받게 되어 부가가치세상 오히려 이익이 발생하는 구조가 됨.
이러한 부가가치세법상 부당 이득 발생을 방지하고자, 국가연구개발혁신법에서는 [연구개발비 공통 계상기준]을 두어, 공급가액만 계상하도록 규정하고 있는 것으로 이해되나, 회계법인에서는 적용 사례가 상이한 "위탁연구개발과제" 가이드라인을 기준으로 잘못된 가이드라인을 제시한 것은 아닌지 문의드리고자 함.
(결론) 문의사항 : 회계법인 가이드라인에 따라, 전문기관과 주관기관 및 공동기관의 관계에서도 "위탁연구개발과제" 적용 규정에 따라 부가가치세 매출세액을 연구활동비로 처리하는 것이 적정한지 여부를 문의드립니다.
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